Οι ερευνητικές δραστηριότητες της Μονάδας Διαχείρισης Ενεργειακών & Περιβαλλοντικών Συστημάτων χαρακτηρίζονται από την εφαρμογή μιας διεπιστημονικής προσέγγισης για την αντιμετώπιση και τη διαχείριση περιβαλλοντικών και ενεργειακών θεμάτων. Η ερευνητική προσπάθεια υποστηρίζεται από ερευνητικά έργα που επιτρέπουν την ανταλλαγή των πληροφοριών και εμπειρίας με πολλά Ευρωπαϊκά επιστημονικά κέντρα, πανεπιστήμια, και τη βιομηχανία.
Τα ερευνητικά έργα χρηματοδοτούνται κυρίως από την Ευρωπαϊκή Ένωση, το ελληνικό κράτος και άλλους μη κυβερνητικούς οργανισμούς. Βασική έρευνα πραγματοποιείται και στα πλαίσια διδακτορικών διατριβών και μεταδιδακτορικής έρευνας. Οι αντίστοιχες δραστηριότητες εστιάζουν κυρίως στους τομείς της Διαχείρισης Ενέργειας, της Διαχείρισης Υδατικών Πόρων και της Διαχείρισης Περιβαλλοντικών Συστημάτων.